Nel primo rapporto 2009 redatto dall'Osservatorio sui consumi di suolo, la provincia con più aree trasformate per ospitare l'uomo è quella di Milano, che vede urbanizzato quasi metà del proprio territorio, seguita da quelle di Trieste e di Varese. Questa riduzione di aree boschive ed agricole porta alla perdita e alla frammentazione di aree importanti per la conservazione della biodiversità. I corridoi ecologici sono superfici spaziali  appartenenti al paesaggio naturale esistente o create appositamente che permettono lo spostamento della fauna e lo scambio dei patrimoni genetici tra le specie presenti, aumentando il grado di biodiversità tra zone con una maggiore naturalità e più ampie ma distanti tra loro. Attraverso tali aree gli individui delle specie evitano di rimanere isolati e subire le conseguenze delle fluttuazioni e dei disturbi ambientali. La dispersione della fauna facilita inoltre la ricolonizzazione ed evita fenomeni di estinzioni locali. Il tipo di vegetazione, la presenza o meno di acqua, la forma e le dimensioni sono elementi fondamentali che determinano la qualità di un corridoio ecologico. Un alto grado di qualità ambientale favorisce inoltre la creazione di siti sicuri per la sosta di specie migratorie. Il solco vallivo della Bevera, attraversato dal torrente Bevera, rappresenta, nel panorama varesino e più in generale della Lombardia settentrionale, uno dei pochissimi esempi di ecosistema fluviale pedemontano pressoché integro ancora esistente, e va a formare un corridoio ecologico fondamentale che pone in contatto le aree prealpine elvetiche con l’alta pianura padana, consentendo così lo spostamento anche di specie animali di grossa taglia che in tal modo possono ricolonizzare aree poste a meridione del loro attuale areale distributivo. L’ecosistema costituito dalla Bevera e dai suoi immediati dintorni assume quindi un estremo interesse naturalistico, vista anche la presenza di numerose specie e di alcuni habitat di interesse comunitario, come la farfalla Coenonympha oedippus o la lampreda zanandraei, il cervo volante e la rana Latastei, le foreste alluvionali di ontano nero, l’ittiofauna e l’avifauna, con numerosissime specie di uccelli, come il falco o l’airone cenerino. In questo contesto va ad inserirsi il tracciato della ferrovia Arcisate-Stabio che, pur proponendosi come un “intervento strategico di preminente interesse nazionale”, rischia di arrecare grandi turbamenti proprio a questo corridoio ecologico, così delicato dal punto di vista ambientale e naturalistico. L’area interessata dal tracciato è caratterizzata dalla presenza di tre tipi di vincoli: il vincolo idrogeologico (R.D. 3267/23), il vincolo di salvaguardia delle sponde dei torrenti Riazzo, Bevera e Clivio (ex l.431/85) e il vincolo dei boschi (ex l.431/85). Gli assi importanti di distribuzione degli ambienti umidi in direzione nord-sud, coinvolti nel progetto, comprendono il fiume Olona, il sistema Bevera-Diotti, il Clivio-Gaggiolo, il Lavaggio e il Breggia. Si individuano inoltre alcuni assi di raccordo, ubicati tra gli assi principali in direzione est-ovest. Le aree agricole sono presenti in modo numeroso nel tratto più ampio della valle. Il tracciato attraverserà numerosi prati pingui, cui si assegna un valore paesaggistico e cromatico rilevante. C’è una forte presenza di estese aree boschive che il tracciato intecetta: nel primo tratto i boschi in maggioranza sono costituiti da essenze miste di latifoglie di robinia, castagno e frassino, con la presenza cospicua di querce nostrane (farnie e rovere). Nella vallata della Bevera i boschi sono di salici, ontani, frassini e sambuco. Nell’area oltre la galleria, in prossimità di Gaggiolo fino al confine elvetico, i boschi sono costituiti da robinie, castagni e poche querce. Gli impatti all’interno del corridoio della Bevera saranno legate alla compromissione del corridoio umido del sistema Bevera-Diotti, alla sottrazione di habitat per la costruzione delle pile del viadotto, alle possibili modifiche delle sponde dell’alveo o della qualità delle acque dei lavori e dello smaltimento delle acque di cantiere. Verranno sottratte complessivamente alle aree boschive e agricole di tutta la valle, almeno 61.000 metri quadrati, mentre si nota una carenza per quanto concerne le compensazioni ambientali previste, ad eccezione della creazione di circa 10000 metri quadrati di ambienti umidi presso le sponde della Bevera, per compensare le aree sottratte per la costruzione dei piloni e la rinaturalizzazione del territorio (senza specificare dove) per 8000 metri quadrati a compensazione delle aree sottratte per il ponte di Gaggiolo. “L’impossibilità di prevedere nello specifico le modalità di realizzazione di questi interventi” lasciano inquietanti dubbi sul futuro di questo fondamentale corridoio ecologico che ospita anche le falde  di interesse strategico nell’approvigionamento idropotabile della Provincia di Varese.